精加工是在基本清選之后再進行加工的工序，其目的是從種子中分離去異作物、異品種，或飽滿度和密度低、活力低的種子。因單用風篩清選機對種子加工不能達到要求的種子質量標準，也有種子清選加工時，采用復式精選機對種子同時進行清選和精選。

精加工包括按種子長度分類，按種子寬度和厚度分級，或按比重分級等幾種方法。

（1）按長度分離。其目的是除去雜草種子和破碎作物種子，除去較作物種子長的物質，按大小進行分類，使種子長度均勻一致。通常有兩種長度分離機，一種是滾筒式窩眼分離機，另一種是圓盤式分離機，以前者應用廣泛，適用于多種作物種子，后者不適用于玉米種子加工。

（2）按寬度和厚度分離。小麥、水稻等種子在基本清選后還要按寬度和厚度進行分離，以剔除風篩清選機未能剔除的雜草種子和破損種子，并將與本品種不同寬度和厚度的異品種種子分離開來。準備機械播種的玉米種子需用寬度和厚度分離機將種子按大小分類，可用長孔篩和橢圓孔篩按玉米的大小分為“扁平”和“圓粒”種子。用圓孔篩可將大粒、中小和小粒玉米分開。

（3）按比重分離。不同成分和不同種類的種子，其比重常常不同，應用比重分離的機具有吸氣機、風選分離機和氣流式分級機。幾乎所有谷類種子都可以使用比重分離機，但并非經常必要，比重分離機主要剔除嚴重退化的、病害及蟲害的種子，最好先進行按大小分級，再按比重分離，則效果較好。